国际刑警组织总部内气氛凝重，柯南和灰原哀面对满桌的资料，眉头紧锁。尽管在之前的行动中获取了部分线索，但神秘组织剩余秘密据点的位置依旧如迷雾般难以捉摸。
从海滨城市和欧洲山区据点缴获的资料里，有一串看似杂乱无章的字符引起了柯南的注意。经过数小时借助先进密码破解程序的分析，他发现这串字符与一种古老航海日志的编码方式类似。顺着这个思路，柯南和技术团队进一步研究，竟挖掘出一个与 18 世纪航海贸易有关的隐晦线索，似乎暗示着神秘组织的某个重要据点与当时一条特定的远洋贸易航线相关。
“18 世纪的远洋贸易航线覆盖范围极广，横跨大西洋、印度洋和太平洋，我们要如何缩小范围？”一位情报专家面露难色。
灰原哀则在一旁仔细梳理着与神秘组织相关的地理信息和过往事件。她突然眼睛一亮，说道：“我们之前发现神秘组织的活动似乎与一些特殊的地质构造或地理环境有关。在这条航线上，有几个区域具备独特的地理特征，比如位于南太平洋的一座孤岛，它处于板块交界处，拥有丰富的地热资源；还有印度洋上的一片珊瑚礁群，周围存在异常的磁场。”
柯南听后，立刻将这些地点标注在地图上。经过与现有线索的交叉比对，他们将目标初步锁定在南太平洋的那座孤岛上。为了不打草惊蛇，国际刑警组织决定先派遣一支小型侦察队前往该岛附近海域进行秘密侦查。
与此同时，在南美洲的一个内陆国家，警方在一次缉毒行动中意外发现了一批与神秘组织有关的武器装备。这些武器不仅技术先进，而且带有神秘组织特有的标识。当地警方迅速与国际刑警组织取得联系。柯南和灰原哀得知消息后，意识到这可能是另一条重要线索，于是决定亲自前往南美洲调查。
在南美洲的那座城市，柯南和灰原哀与当地警方紧密合作。他们从武器来源入手，通过追踪一系列复杂的黑市交易网络，发现这些武器是从一个边境小镇流出的。在当地警方的协助下，柯南和灰原哀乔装打扮，深入这个边境小镇展开调查。
小镇上弥漫着一股神秘而紧张的气氛。他们在一家破旧的酒馆里，从一位醉酒的黑市商人嘴里打听到，每隔一段时间，就会有一批陌生人来到小镇，带来各种先进的物资和武器，然后运往附近的山区。这些陌生人行踪诡秘，行事极为谨慎。
根据这一线索，柯南和灰原哀与警方组成的特别行动小组朝着山区进发。在山区的密林中，他们小心翼翼地前行，时刻警惕着可能出现的危险。经过数小时的艰难跋涉，他们发现了一条隐藏在草丛中的狭窄小道，小道上有新鲜的车轮印。
顺着车轮印，他们来到了一个看似废弃的矿场。矿场周围布满了伪装巧妙的岗哨，戒备森严。柯南用望远镜观察着矿场内的情况，发现里面有不少身着黑衣的人在忙碌地搬运着各种设备和物资。
“看来这里就是他们的一个重要据点。”灰原哀低声说道。
特别行动小组迅速制定了突袭计划。趁着夜色，他们悄悄摸进矿场。然而，神秘组织似乎察觉到了异常，岗哨的守卫突然加强了巡逻。就在行动小组准备发起攻击时，一名队员不小心踩到了一根枯树枝，发出了清脆的声响。
“谁？”守卫大声喊道，矿场内顿时警报声大作。神秘组织的成员们迅速拿起武器，进入战斗状态。
柯南当机立断，喊道：“行动！不能让他们有时间转移重要资料和设备。”
激烈的枪战瞬间爆发，行动小组与神秘组织成员在矿场内展开了殊死搏斗。柯南和灰原哀凭借着出色的身手和智慧，带领队员们逐步突破敌人的防线。在一间看似办公室的房间里，柯南找到了一些文件，文件内容显示这个据点主要负责为神秘组织的其他据点提供武器和物资支持，同时还涉及到一种新型生物武器的研发。
“这种生物武器一旦投入使用，后果不堪设想。”柯南说道。
就在他们准备进一步深入调查时，神秘组织的增援部队赶到了。敌人数量众多，火力凶猛，行动小组陷入了困境。
“我们不能恋战，先撤出去，再想办法。”灰原哀建议道。
在当地警方的掩护下，柯南和灰原哀带领行动小组艰难地撤离了矿场。回到城市后，他们对在矿场缴获的文件进行详细分析，发现其中提到了一个与南太平洋孤岛据点相关的坐标信息。
“看来这两个据点之间存在着密切的联系。”柯南说道，“我们得尽快把这个消息告诉在南太平洋的侦察队。”
此时，在南太平洋的侦察队也有了重要发现。他们通过水下探测设备，在那座孤岛附近的海底发现了一个巨大的建筑轮廓。经过进一步的声呐扫描，确定这是一个隐藏在海底的基地，基地与孤岛之间似乎通过一条海底隧道相连。
侦察队将这一发现及时汇报给了总部。柯南和灰原哀得知后，决定立刻前往南太平洋与侦察队会合，共同制定对海底基地的突袭计划。
在前往南太平洋的途中，柯南和灰原哀与国际刑警组织的专家团队一起，根据现有的线索和情报，对神秘组织的新计划进行了更深入的推测。他们认为，神秘组织可能打算利用海底基地的特殊地理位置和强大的生物技术设备，制造一种能够在全球范围内迅速传播的生态病毒，这种病毒一旦释放，将引发全球性的生态灾难，从而实现他们重塑世界秩序的疯狂目标。
“我们必须在他们完成病毒研发之前摧毁这个基地。”柯南说道，语气中充满了坚定。
当他们抵达南太平洋与侦察队会合后，立刻展开了紧张的准备工作。为了应对海底基地复杂的环境和强大的防御系统，他们准备了先进的潜水装备、水下武器以及能够干扰敌人通讯和防御系统的电子设备。
经过精心策划，突袭行动在深夜展开。队员们身着特制的潜水服，悄无声息地潜入海中，朝着海底基地游去。在接近基地时，他们遭遇了基地外部的自动防御系统，一道道激光束在海水中闪烁。
队员们利用事先准备好的干扰设备，成功地干扰了防御系统的运行，为自己争取到了宝贵的时间。他们迅速突破防御，进入了海底基地内部。
基地内部灯光昏暗，通道错综复杂。柯南和灰原哀带领队员们小心翼翼地前进，时刻警惕着敌人的袭击。在基地的核心区域，他们终于找到了正在研发中的生态病毒样本以及相关的技术资料。
“就是这些，绝不能让它们落入敌人手中。”柯南说道。
然而，就在他们准备销毁病毒样本和资料时，神秘组织的成员们闻讯赶来，将他们团团包围。
“你们以为能轻易破坏我们的计划吗？今天就是你们的葬身之地。”神秘组织的一名头目恶狠狠地说道。
一场惊心动魄的最终对决即将展开，柯南和他的伙伴们能否成功摧毁病毒，阻止神秘组织的疯狂计划，一切都还是未知数......